مدتی پس از رویدادهای مربوط به Burst Linker Dusk Taker، Kuroyukihime به یاد می آورد که Haruyuki Arita را برای برنامه "Brain Burst" استخدام کرده است - برنامه ای که به بازیکنان اجازه می دهد تا عملکردهای شناختی خود را تا زمانی که زمان متوقف شود، سرعت بخشند. هارویوکی از زمان ورودش در میان دیگر Burst Linkers به شهرت رسیده است و به Kuroyukihime کمک می کند تا به هدف خود برای رسیدن به بالاترین سطح در بازی دست یابد.
در طی یک نبرد سرزمینی با لژیون خود، Nega Nebulus، Haruyuki و دوستانش پس از طوفانی ویرانگر در بازی از برنامه اخراج می شوند. در سرتاسر توکیو، دوربین‌های امنیتی دچار اختلال می‌شوند، که Kuroyukihime استنباط می‌کند که مربوط به نقص Brain Burst است. مصمم به رفع مشکل، Nega Nebulus باید لژیون های دیگر را برای یافتن منبع مشکل و بازیابی توانایی شتاب استخدام کند.
