Bakugan Interspace یک سیستم واقعیت مجازی است که بازیکنان می توانند با یکدیگر نزاع کنند و در مسابقات شرکت کنند. در اصل برای کمک به تمرین و تقویت مهارت های باکوگان طراحی شده بود، به سرعت به محل ملاقات بسیاری از علاقه مندان تبدیل شد. در یکی از دوئل های Danma Kuusou، Interspace تصادف می کند و او سرد ناک اوت می شود. قبل از اینکه به هوش بیاید، او یک بار دیگر تصویری از مبارزه باکوگان با یکدیگر را تجربه می کند.
انفجار انرژی که با مبارزه دانما همراه شد و سیستم را خاموش کرد، امواج شوکی را در سراسر کهکشان ایجاد کرد و توجه دوازده دستور، یک سازمان گوندالی را به خود جلب کرد. آنها به Bakugan Interspace نفوذ می کنند و به دنبال جنگجویان قدرتمندی می گردند تا در جنگ آینده آنها با نژاد بیگانه دیگری به نام Neathians به آنها بپیوندند.
Danma و همراهانش - Shun Kazami و Chōji Marukura - به زودی خود را درگیر یک جنگ فرازمینی می یابند. با این حال، هر چقدر هم که دور از ذهن به نظر برسد، این درگیری حاکمیت زمین و آینده نژاد باکوگان را نیز تهدید می کند.
