گفته می‌شود که «چوپان»، افسانه شهری آکادمی شیومی، در برابر دانش‌آموزان سخت‌کوش ظاهر می‌شود تا آرزویشان را برآورده کند.
کیوتارو کاکی، دانش‌آموز سال دوم و رئیس واقعی باشگاه کتابخانه، در حالی که غرق در کتابی در کتابخانه بزرگ مشهور مدرسه است، ایمیلی از چوپان دریافت می‌کند که در آن رویدادی را پیش‌بینی می‌کند که سرنوشت او را تغییر خواهد داد. کیوتارو که از این پیام نگران است، با عجله به ایستگاه قطار نزدیک می‌رود و با دانش‌آموز سوگومی شیراساکی روبرو می‌شود که او را از برخورد قطار از ریل نجات می‌دهد. تسوگومی با سپاسگزاری از اقدامات قهرمانانه‌اش، به باشگاه کتابخانه می‌پیوندد و کیوتارو را دعوت می‌کند تا در «پروژه شاد شیومی» مرموز او شرکت کند. آنها همراه با دیگر اعضای جدید باشگاه، تلاش می کنند تا آکادمی را به مکانی بهتر تبدیل کنند و هویت چوپان مرموز را کشف کنند.
