Hakuo Gakuin قبلاً یک دبیرستان معتبر بود و به خاطر هنرهای رزمی مشهور بود. با این حال، چون مکتب رقیب خود; سیشیکان، ناجوانمردانه دانش‌آموزان برتر خود را فریب می‌دهد، هاکو رو به زوال می‌رفت.
به منظور بهبودی از وضعیت، مدیر موقت هاکوو؛ هوجو هیمکو، یاگیو رانکو را به روستای فوما می فرستد تا در جستجوی قبیله نینجای معروف فوما برای کمک باشد. رهبر فوما کوجیرو را به هاکوئو فرستاد، در آنجا با قبیله بدنام یاشا روبرو می شود که برای سیشیکان به رهبری آسوکا موساشی می جنگد.
به زودی رفقای کوجیرو از راه می رسند و یک جنگ تمام عیار نینجا که به مدت 500 سال به تعویق افتاده بین 2 قبیله آغاز می شود.
