سال 21XX است. پس از اینکه دکتر کین آزمایشگاه قدیمی دکتر لایت را دوباره کشف کرد و چندین طرح را بر اساس طرح اصلی Dr.Light به نام "Megaman X" انجام داد، امروزه reploid ها رایج هستند. در همین حال، ایکس به شکارچیان ماوریک پیوست و با رهبر واحد زیرو تحت فرماندهی ژنرال سیگما کار می کند. وظیفه آنها خاتمه دادن به تکرارهای سرکش است، کسانی که خشن شده اند.
