پس از اینکه رهبر X در پایان گاچامن دوم برای همیشه از بین می‌رود، قطعه‌ای از او که زنده مانده رشد می‌کند و به Z جهش می‌یابد. با رئیس خانواده Egobossler، کنت Egobossler (و دو زیردستانش Mechandol و Kempler)، Z خم می‌شود. در مورد نابود کردن زمین، و تیم علوم نینجا، یک بار دیگر.
در پی مرگ اندرسون، دکتر نامبو رئیس جدید ISO شد، در حالی که تیم اکنون در پایگاه زیر آب گالاتاون (معروف به "G-Town") محدود شده است. مهندس کامو معرفی می‌شود و پس از نابودی GodPhoenix جدید، تیم Gatchaspartan جدید را به عنوان مکانیزم دریافت می‌کند. Gatchaspartan یک حالت ویژه نیز دارد که Hypershoot نامیده می شود، که فقط می تواند توسط Ken (با شمشیر جدید خود "Gatchafencer") از آن استفاده کند.
همانطور که سریال پیشرفت می کند، متوجه می شود که قرار گرفتن در معرض تشعشع ناشی از استفاده مداوم از Hypershoot به آرامی کن را می کشد و استفاده مداوم به معنای مرگ است. در همین حال، Z قصد دارد زمین را با یک سیارک ضد ماده با نام رمز "سیب سمی" نابود کند.
