سال 2002 است و مارین اکسپرس، اولین قطار زیر آبی بین آمریکا و ژاپن، برای اولین سفر خود آماده است. مهندس ارشد مشکوک است که از مسیر آزمایشی قطار برای مقاصد غیرقانونی استفاده می شود و کارآگاه خصوصی بان شونساکو را استخدام می کند. او به عمارت موکلش می رسد و متوجه می شود که او به تازگی به قتل رسیده است. شونساکو که فقط با یک نگاه اجمالی به چهره قاتل مسلح است، سوار بر مارین اکسپرس می شود تا به ته این معما برسد. با این حال، این شغل بسیار بیشتر از آن چیزی است که او برای آن چانه زنی کرده است، زیرا قطار رازهایی فراتر از تصور هر کسی در خود دارد.
