سه سال پس از حل شدن توطئه پروژه بابل، اعضای واحد Patlabor کیچی گوتو راه خود را رفته اند. گوتو با تیم Patlabor، همراه با شینوبو ناگومو، دوست و رفیق عاشقانه‌اش، باقی می‌ماند.
یک سازمان تروریستی با بازی با بدبینی مردم نسبت به نیروی دفاع از خود زمینی ژاپن، شروع به کار از درون ارتش برای ایجاد ویرانی و ناآرامی های مدنی توده ای در سراسر ژاپن می کند. ناگومو می‌آموزد که مغز متفکر پشت این توطئه تروریستی در حال رشد کسی نیست جز یوکیهیتو سوگه، مربی و معشوق سابق او.
گوتو تیم سابق Patlabor خود را که خلبان نوآ ایزومی رهبری می کند، دوباره جمع می کند. ناگومو که تیم را به سمت ماموریت دستگیری سوگه هدایت می کند، باید با روابط پیچیده گذشته خود کنار بیاید تا ژاپن را نجات دهد.
