خلاصه انیمه Koukaku Kidoutai Arise: Ghost in the Shell - Border:1 Ghost Pain
داستان این انیمه در سال 2027 و یک سال پس از پایان چهارمین جنگ غیرهسته ای می گذرد. نیو پورت سیتی هنوز از عواقب پس از جنگ متحمل بمباران ناشی از یک مین خودکششی می شود. سپس یک نظامی که در رشوه خرید و فروش تسلیحات دست دارد به ضرب گلوله کشته می شود.
در طول تحقیقات، دایسوکه آراماکی از بخش امنیت عمومی با موتوکو کوساناگی، هکری در سطح جادوگر سایبورگ که به واحد مخفی 501 ارتش منصوب شده است، برخورد می کند. باتو، مردی با "چشمی که نمی خوابد" مشکوک است که کوساناگی کسی است که در پشت بمب گذاری قرار دارد. توگوسا، کارآگاه پلیس استان نیهاما در حال پیگیری پرونده های دوگانه خود در مورد مرگ تیراندازی و قتل یک فاحشه است. خود موتوکو توسط کوروتسو رئیس واحد مخفی 501 و عوامل سایبورگ تحت نظر است.