سال 2045 است و هوش مصنوعی دستخوش تحولات فوق العاده ای شده است. دولت ها از آنها به عنوان سلاح استفاده می کنند و برای حفظ اقتصاد خود درگیر جنگ های بی پایان می شوند. گروه مزدور GHOST به رهبری سرگرد Motoko Kusanagi با این منظره غریبه نیست. با این حال، نوآوری سریع این فناوری باعث می شود که تهدید جدیدی در افق ظاهر شود.
کوساناگی و گروهش پس از ترک بخش 9 امنیت عمومی در بسیاری از عملیات‌های مربوط به این جنگ‌های نیابتی در سراسر جهان شرکت می‌کنند. اما یک کار به ظاهر ساده برای یافتن یک فروشنده اسلحه، GHOST را به یک درگیری پنهان علیه افرادی که به طور غیرقابل توضیحی هوش و توانایی های فیزیکی به دست آورده اند، می کشاند. ظهور آنها که «پساانسان» نامیده می‌شوند، زنجیره‌ای از رویدادها را به وجود می‌آورد که منجر به اتحاد مجدد بخش 9 می‌شود. با داشتن یک مأموریت جدید، کوساناگی و تیم بازسازی‌شده‌اش باید از هرج و مرج جهانی به دست این پساانسان‌ها جلوگیری کنند. .
