تا سال 0096 قرن جهانی، صلح شکننده ای از خاکستر درگیری بیرون می آید. دانش آموز شانزده ساله بناقر لینکز در یک سفر مدرسه ای از مستعمره فضایی صنعتی 7 بازدید می کند، اما به دلیل خرابی شاتل، کاملاً سرگردان می ماند.
برای بنقر که همیشه زندگی عادی داشته است، جنگ همیشه بخش دوردست و تقریباً افسانه ای تاریخ بوده است. اما در عرض چند دقیقه، زمانی که او دختری به نام آدری برن را نجات می‌دهد، فانتزی به واقعیت تبدیل می‌شود، که فوراً باید با رهبر بنیاد ویست، کارداس ویست، ملاقات کند. او امیدوار است که او را متقاعد کند که از "جعبه لاپلاس"، شیئی که پتانسیل نابود کردن جهان را دارد، خودداری کند. تاریخ با همگرایی نیروهای کهکشانی در Industrial 7 آغاز می شود و هر کدام برای تصاحب جعبه لاپلاس با هم رقابت می کنند. در حالی که بقایای نئو زئون با نیروهای فدراسیون زمین در اطراف مستعمره درگیر می شوند، کارداس در آخرین لحظات خود، کلید جعبه را به بنگر می دهد، یک لباس متحرک به نام گاندام تک شاخ.
مملو از کنش انفجاری و تنش فزاینده، Mobile Suit Gundam Unicorn RE:0096 بناگر را دنبال می‌کند، در حالی که عقیده او آزمایش می‌شود و سرانجام سرنوشتی که بیش از یک قرن خفته است، محقق می‌شود.
