در سال 2027، بازی ویدیویی Phantasy Star Online 2 در آکادمی سیگا بسیار محبوب است. همه دانش‌آموزان در این مد هستند - به جز Itsuki Tachibana، دانش‌آموزی خوش‌حساب که بازی‌های ویدیویی بازی نمی‌کند. این بازی به دلیل محبوبیتی که دارد، در حال حاضر در آکادمی سیگا در دست بررسی است تا ببینیم آیا تاثیر منفی روی دانش‌آموزان دارد یا خیر. در نتیجه، این امر باعث می‌شود که ایتسوکی توجه رینا ایزومی، رئیس شورای دانش‌آموزی کمال‌گرا را به خود جلب کند که قصد دارد ثابت کند که بازی مقصر نیست.
رینا برای رسیدن به هدف خود، ایتسوکی را به عنوان نایب رئیس شورای دانش آموزی استخدام می کند و به او وظیفه می دهد تا بازی را یاد بگیرد و در عین حال نمرات خود را بالا نگه دارد. Itsuki که اکنون موظف است یافته های روزانه خود را از بازی به رینا گزارش دهد و شایستگی های آن را تجزیه و تحلیل کند، سرنوشت Phantasy Star Online 2 را در دستان خود دارد.
