آیاتو کامینا از دختری که دوستش داشت، هاروکا میشیما، زمانی که اتفاقی رخ داد که تصور می‌شد همه افراد خارج از توکیو را کشته است، جدا شد. اما یک روز بعد از سه سال، مهاجمان ناگهان به شهر حمله کردند. پس از آن بود که او با یک مامور TERRA به نام هاروکا شیتوو آشنا می‌شود که به او می‌گوید که حقیقت جهان را به او خواهد داد. این شروع یک سری اتفاقات عجیب است که شامل فعال کردن یک مکانیزم غول پیکر به نام RahXephon می شود و متوجه می شود که بسیاری از مردم، از جمله مادر خودش، خون آبی دارد، و او در واقع در یک بعد محصور شده زندگی می کند. زمان کندتر از دنیای بیرون حرکت می کند.
