کنشین هیمورا پس از گذراندن روزهای آرام در دوجوی کامیا، خود را بر سر دوراهی مهم میبیند، زیرا عهدش برای پایان دادن به زندگیاش در آزمایش نهایی قرار میگیرد.
پس از قتل فرمانده سابق خود، او اکنون مجبور است جاده خشونت و خون را دوباره بپیماید تا ماکوتو شیشیو - اعجوبه قاتل که خود را جانشین بدنام باتوسایی مینامد، از بین ببرد. شیشیو با جاه طلبی برای سرنگونی دولت میجی و تثبیت سلطه خود در کیوتو، برای یک دهه برنامه ریزی دقیقی انجام داده و یک نیروی نظامی قدرتمند ضد دولتی ایجاد کرده است. اکنون، شیشیو نگاه خود را به سمت استخدام Aoshi Shinomori، یک قاتل خونسرد و رهبر سابق جنگجویان افسانه ای Oniwaban گروپ معطوف کرده است.
در حالی که کنشین از طریق دهکده ای رها شده توسط دولت و در حال حاضر زیر مشت آهنین سرسپردگان شیشیو سفر می کند، مصمم است از بازگشت کشور به جنگ داخلی جلوگیری کند. او با رقیب سابق خود، هاجیمه سایتو، متحد می شود و شراکتی شکننده در نبردی علیه امپراتوری شیشیو ایجاد می کند که سرنوشت ژاپن را تعیین می کند.