پس از نابودی زمین توسط اشکال حیات بیگانه مرموز به نام گاونا، بقایای بازمانده از نسل بشر با کشتی نسل عظیم Sidonia به فضا فرار کردند. سیدونیا که هزاران سال در فضا رانده شده بود، برای اولین بار در یک قرن اخیر بار دیگر خود را مورد حمله گاونا قرار داد.
بار دیگر که با خطر انقراض روبرو شد، یک پیروزی موقت در برابر گاونا به لطف تسوموگی شیراویی هیبریدی انسان-گاونا و خلبان مکانیک گاردین آس، ناگیت تانیکازه به دست آمد.
10 سال بعد... مردم سیدونیا از یک استراحت کوتاه برخوردارند. روزهای صلح آمیزی می گذرد، در طی آن تسوموگی شروع به درک احساسات خود نسبت به ناگیت می کند که اکنون به عنوان قهرمان سیدونیا شناخته می شود. با این حال، همانطور که کاپیتان کوبایاشی همیشه می‌دانست، تا زمانی که گاونا باقی بمانند، صلح نمی‌تواند دوام بیاورد.
تصمیم گرفته می شود: نبرد نهایی، که سرنوشت آخرین بازماندگان بشریت بر آن استوار است. با نزدیک شدن به پایان، آیا خدمه قادر خواهند بود از کسانی که دوستشان دارند محافظت کنند؟
