در سال 2032 زمین از تهاجم ناگهانی نیروهای بیگانه رنج می برد. 19 سال پس از آن واقعه گذشت، و با هرج و مرج حاکم بر جهان، تنها راه نجات جهان از نابودی کامل، زنده ماندن و مبارزه با کسانی است که زمین را مجبور به نابودی کامل می کنند. Black Rock Shooter (در بازی یک "سلاح زنده" با نام BRS) مسئولیت محافظت از نوع بشر را بر عهده دارد و توانایی مبارزه با مهاجمان را به عنوان سلاح نهایی دارد. او از خرابه‌های سانفرانسیسکو بیرون می‌آید و شاهد انبوهی از نیروهای بازمانده است که در طول مأموریت او به پشتیبانی او تبدیل می‌شوند.
