داستان در همان تاریخ رسمی Code Geass مانند انیمه اتفاق می افتد، اما در دوره ای متفاوت. شخصیت اصلی، رنیا، پسری 17 ساله با بازوی چپ مکانیکی و پرتاب ستاره‌های شوریکن به عنوان سلاح انتخابی او است. داستان زمانی شروع می شود که رنیا با جادوگری مرموز و همیشه جوان به نام "Reifū CC" مواجه می شود. سی سی در دوره تاریخی ادو ژاپن ظاهر شده است تا به دنبال یک شریک جدید برای یک پیمان باشد. در این میان مردی مرموز با شباهت بسیار زیادی به شخصیت للوچ انیمه اصلی نیز با نیت نامعلومی ظاهر می شود.
