ساتوشی و دوستانش به LaRousse سفر می کنند و در آنجا با پسری به نام Tooi آشنا می شوند که به دلیل اتفاقی که چهار سال قبل از آن رخ داده است از پوکمون می ترسد. در همین حال، Deoxys، یک پوکمون از فضا، دوباره ظاهر شد و یک مانع در اطراف شهر قرار داد و مردم را ربود. Rayquaza، یک پوکمون که در جو زندگی می کند، برای مبارزه با آن می آید.
