مسافران زمان از قرن بیست و دوم به ژاپن امروزی باز می گردند تا به جهان هشدار دهند که گودزیلا به زودی باز خواهد گشت و خشم او چنان بزرگ خواهد بود که کشور هرگز بهبود نخواهد یافت. با کمک یک نویسنده غیرداستانی که منشاء واقعی گودزیلا را به درستی حدس زده است، مردم آینده پیشنهاد بازگشت به گذشته و جلوگیری از تولد گودزیلا را می دهند. با این حال، پس از بازگشت به زمان حال، متوجه می‌شوند که گودزیلا با تهدیدی بزرگ‌تر جایگزین شده است. دیو سه سر پادشاه Ghidorah! چگونه جهان می تواند بدون پادشاه هیولاها برای مقابله با این وحشت جدید زنده بماند؟
