Inazuma Eleven Ares در دنیایی موازی و پس از وقایع بازی اول اتفاق می‌افتد و داستان را از دیدگاه سه قهرمان داستان یعنی Ryouhei Haizaki، Asuto Inamori و Yuuma Nosaka توسعه می‌دهد. داستان حول محور گروهی از پسران می‌گذرد که در جزیره‌ای زندگی می‌کنند و عاشق بازی فوتبال هستند. باشگاه فوتبال آنها به طور ناگهانی لغو می شود و تنها راهی که می توانند دوباره آن را به دست آورند، بردن مرز فوتبال است. Asuto Inamori قهرمان داستان و همراهش جزیره را به مقصد توکیو ترک می کنند تا در دبیرستان Raimon Junior شرکت کنند و در Football Frontier شرکت کنند. اما اولین بازی آنها برابر سیشو گاکوئن نفر اول رده بندی است.
