داستان 10 سال پس از پایان بازی Gundam F91 اتفاق می افتد. قهرمانان فیلم، Seabook Arno و Cecily Fairchild، متوجه می شوند که Crux Dogatie از ناوگان انرژی مشتری در حال نقشه کشیدن برای تسخیر زمین با نیروهای امپراتوری مشتری خود است. در پاسخ، سیسیلی نام تولد خود را "برا روناه" بر می‌دارد و پیشتازان کراس‌بون را بازسازی می‌کند که خود را به شکل دزدان دریایی در حال حمله به ناوگان انرژی مشتری تغییر می‌دهند. Seabook با نام مستعار "Kinkedo Nau" یکی از خلبانان برتر ونگارد جدید است. دیگری Zabine Chareux است، کهنه سرباز اصلی Crossbone Vanguard. شخصیت اصلی Crossbone Gundam یک نیوتایپ نوجوان به نام Tobia Arronax است که در جنگ بین Crossbone Vanguard و Jupiter Empire غرق می شود.
