داستان Gundam F91 حول محور مستعمره فضایی نوجوان سی بوک آرنو، دوستش سیسیلی فیرچایلد و تلاش های شبه نظامیان Cross Bone Vanguard به رهبری پدربزرگ سیسیلی Meitzer Ronah برای ایجاد یک طبقه اشرافی به نام "Cosmo Babylonia" می چرخد. مطابق با سنت گاندام، سی‌بوک غیرنظامی بنا به شرایطی مجبور می‌شود تا F91 Gundam را که به طور تصادفی توسط مادرش، دکتر مونیکا آرنو طراحی شده بود، خلبان کند.
