کوی به سنکیو تا شکلات، قهرمان داستان یوکی اوجیما را دنبال می کند که در آکادمی خصوصی تاکافوجی، مدرسه ای بزرگ با بیش از 6000 دانش آموز، شرکت می کند. یوکی به همراه هفت نفر دیگر، از جمله دوست دوران کودکی اش چیساتو سومیوشی، عضو باشگاه تحقیقات مواد غذایی است. اعضا وقت خود را در باشگاه بدون فعالیت زیاد می گذرانند. هنگامی که انتخاب رئیس شورای دانش آموزی بعدی پیش می آید، ساتسوکی شینوومه، نامزد پیشتاز، پیشنهاد می کند که باشگاه هایی که شایستگی ندارند باید مرتب شده و لغو شوند. باشگاه تحقیقات مواد غذایی از یاکومو موری، رئیس شورای دانش‌آموزی فعلی، که به یوکی پیشنهاد می‌کند به عنوان نامزد مخالف در انتخابات شرکت کند، مشاوره می‌گیرد. یوکی در مورد مسائلی که مدرسه با آن روبروست آشنا می شود و تصمیم می گیرد در انتخابات شرکت کند.
