در آینده ای نه چندان دور در سال 2032، مرز تقسیم انسان و ماشین عبور کرده است. جنایات انجام شده توسط سایبورگ های گوشت و فلز توسط بخش 9، یک جوخه نخبه ضد تروریستی که توسط رئیس آراماکی و دستیار سایبورگ او، سرگرد موتوکو کوساناگی اداره می شود، بررسی می شود. بخش 9 با دشمنان بی‌شماری در دنیای واقعی و فضای مجازی روبرو شده است، اما هیچ‌یک مانند «بیدارشده» نبود. اعتقاد بر این است که این گروه مرگبار تروریستی می تواند بر ذهن و بدن تقریباً هر کسی مسلط شود. قربانیان که به عنوان ابزاری برای ارتکاب جنایات علیه دولت استفاده می‌شوند، از اینکه چه کسی یا چه چیزی آنها را کنترل می‌کند بی‌اطلاع هستند. وقتی سرگرد کوساناگی یکی از قربانیان را دستگیر می‌کند، به مغز سایبری او هک می‌کند تا هویت سرکرده را بیاموزد - آنچه کشف می‌کند او را به سفری به اعماق قلب فضای مجازی هدایت می‌کند، سفری که او را تا هسته می‌لرزد. (منبع:
