هشت سال پس از وقایع Macross F، پدیده‌ای مرموز به نام سندرم وار به تدریج کهکشان را درگیر می‌کند. این وظیفه نسل جدیدی از خلبانان بسیار توانمند والکری است که با این تهدید جهانی مقابله کنند. و اگر آنها قبلاً به اندازه کافی در بشقاب خود نداشتند، تیم جنگنده Aerial Knights Valkyrie از پادشاهی باد آمده اند تا اسکادران دلتا را به چالش بکشند.
