داستان در آخرین روز جشنواره فرهنگ عالی یاسوگامی می گذرد. در طول این رویداد، قهرمانان Persona 4 می بینند که برج ناقوس عجیبی در محوطه مدرسه ظاهر می شود. قهرمانان Persona 3 نیز صدای زنگ را می شنوند و به آینده ای کشیده می شوند که در آن بازیگران Persona 4 منتظر هستند. این دو گروه در مدرسه ای تحت پوشش سایه ها حبس می شوند، اما با دو فرد مرموز به نام های ذن و ری آشنا می شوند که حافظه خود را از دست داده اند. بازیگران به زودی متوجه می شوند که خاطرات گم شده ذن و ری ممکن است کلید حل معمای ظاهر ناگهانی برج ناقوس باشد.
