خلاصه
چندین ماه پس از جنگ Repliforce، زمین در یک زمان صلح آمیز است. تعمیر مستعمرات فضایی آسیب دیده در طول جنگ تقریباً کامل شده بود، تنها مستعمره فضایی باقی مانده، مستعمره غول پیکر اوراسیا است که در نقطه لاگرانژی قرار دارد. از آنجایی که بسیار قدیمی بود، برنامه ریزی شده بود که مورد بازسازی گسترده قرار گیرد. با این حال، یک روز فردی اوراسیا را اشغال کرده بود و کنترل آن را به دست گرفته بود، ویروسی را در مستعمره پراکنده کرد و با استفاده از سیستم های گرانش مصنوعی آن را در مسیر برخورد به سمت زمین قرار داد. در عرض 16 ساعت، اوراسیا سقوط می کند و باعث ویرانی بزرگ می شود و در بدترین حالت تمام حیات را از این سیاره خاموش می کند. شکارچیان ماوریک قصد دارند از توپ ذرات بزرگ Enigma برای نابود کردن اوراسیا قبل از وقوع استفاده کنند. توپ انیگما تا حدودی قدیمی است و نیاز به ارتقا دارد. سیگناس، فرمانده جدید شکارچی، به Mega Man X و رفیقش Zero دستور می دهد تا با زمان رقابت کنند تا چهار قسمت لازم برای ارتقای Enigma و توقف اوراسیا را قبل از اینکه خیلی دیر شود جمع آوری کنند. بدتر از همه، سیگما ویروس سیگما را در سراسر جهان پراکنده کرد و قطعات مورد نیاز توسط Mavericks محافظت می شوند.
