در آینده ای دور، بشریت بار دیگر با تهدید «فرشتگان سایه»، موجودات عرفانی که پس از 12000 سال غیبت بازگشته اند، مواجه می شود. آنها به شهرهای انسانی حمله می کنند و ساکنان آنها را می ربایند تا "پرانا" (انرژی حیاتی) آنها را تخلیه کنند. برای مبارزه با آنها، جوانانی با قدرت‌های ویژه از سراسر جهان جمع‌آوری شدند و آموزش دیدند تا «ماشین‌های بردار» را هدایت کنند، سه کشتی باستانی که با هم سلاح نهایی بشر، «آکواریون» را تشکیل می‌دهند. داستان عمدتاً حول محور آپولو می‌چرخد، نوجوانی که گفته می‌شود تناسخ آپولونیوس، فرشته‌ای سقوط کرده است که برای محافظت از بشریت علیه هم نوعان خود می‌جنگید.
