داستان لینک و تترا را دنبال می کند که در یک Hyrule پوشیده از سیل به نام دریای بزرگ زندگی می کنند. در سفر با کشتی دزدان دریایی تترا، این زوج یک کشتی ارواح را کشف می کنند. بلافاصله پس از سوار شدن تترا به کشتی، او فریاد می زند و کمک می خواهد. در حالی که لینک تلاش می کند او را دنبال کند، لیز می خورد و به اقیانوس می افتد. لینک در یک جزیره شسته شده در ساحل توسط سیلا، پری، بیدار می شود. لینک با کاوش در جزیره ساعت شنی فانتوم را پیدا می کند که مملو از شن های ساعت است و با پیرمردی به نام اوشوس ملاقات می کند که می خواهد به لینک کمک کند کشتی ارواح را پیدا کند و دوباره با تترا متحد شود. برای کمک به او در تلاش، لینک از کاپیتان لاین بک و کشتی او اس اس لاین بک کمک می گیرد که لینک، سیلا و لاین بک از آن برای بازدید از جزایر استفاده می کنند. پس از جست و جوی دریای بزرگ، لینک متوجه می شود که باید از نقشه ها و سرنخ هایی که در معبد پادشاه اقیانوس پنهان شده است استفاده کند تا ارواح شجاعت، حکمت را پیدا کند.
