داستان در سال 2020 اتفاق می افتد، تنها سه سال پس از وقایع .hack//GU. (داستان نه تنها در نسخه جدید "The World" معروف به "The World R:X" یک بازی محبوب است) بلکه در دنیای واقعی نیز اتفاق می افتد. شخصیت اصلی یک دانش آموز دبیرستانی به نام توکیو کوریو است. او یک زندگی عادی به عنوان یک گیمر دارد تا اینکه دختری مرموز به نام Ayaka Amagi به مدرسه او منتقل می شود و او را به دنیای بازی می برد.
