ساکورا کینوموتو پس از به دست آوردن تمام کارت های کلو و تغییر به ساکورای خودش، اکنون وارد اولین سال تحصیلی خود در مدرسه راهنمایی توموئدا می شود. پس از اولین روز کلاس‌هایش، ساکورا دوباره با عشقش شائوران لی ملاقات می‌کند که به او اطلاع می‌دهد که برای همیشه به توموئدا بازمی‌گردد. با کمال تعجب او، حتی معلوم شد که شائوران در همان مدرسه درس خواهد خواند و به نظر می رسد که زندگی ساکورا در تمام مسیرهای درست پیش می رود.
با این حال، هنگامی که ساکورا به خواب می رود، در خواب با چهره ای مرموز روبرو می شود و خود را با کارت های شفاف احاطه می کند. ساکورا که با ترس از خواب بیدار می شود، وقتی متوجه می شود که رویای او به حقیقت پیوسته و کارت های ساکورا روشن شده اند، شوکه می شود. تداوم برخوردهای رویایی با یک دشمن ناشناخته و به دست آوردن یک کلید جادویی جدید، زمینه را برای آخرین ماجراجویی Cardcaptor Sakura آماده کرد!
