مادوکا کانام و سایاکا میکی دختران دبیرستانی معمولی هستند که زندگی منظمی دارند، اما همه چیز وقتی تغییر می‌کند که با کیوبی، یک گربه‌مانند جادویی آشنا، و هومورا آکمی، دانش‌آموز انتقالی جدید روبرو می‌شوند.
کیوبی به آنها پیشنهاد می دهد: او به هر یک از آرزوهای آنها پاسخ می دهد و در ازای آن، هر کدام تبدیل به یک دختر جادویی می شوند و قدرت کافی برای تحقق رویاهای خود را به دست می آورند. با این حال، همورا آکمی، خود یک دختر جادویی، از آنها می خواهد که این پیشنهاد را نپذیرند و بیان می کند که همه چیز آنطور که به نظر می رسد نیست.
داستانی از امید، ناامیدی و دوستی، Mahou Shoujo Madoka★Magica با مشکلات یک دختر جادویی بودن و بهایی که یک نفر برای تحقق یک رویا باید بپردازد، می پردازد.
