پس از یک فرار جسورانه از موزه حافظه، سایاکا میکی با اخبار ناراحت کننده به شهر میتاکیهارا باز می گردد. سایاکا که از آموخته‌هایش ناراحت است، مکان مامی توموئه را به مادوکا کانام و هومورا آکمی نشان می‌دهد – اما مهم‌تر از آن – حقیقت آزاردهنده‌ای در پشت وجود دختران جادویی. علیرغم آگاهی از سرنوشت بی‌رحمانه‌ای که در انتظارشان است، این سه به سرعت تصمیم می‌گیرند با هم کار کنند و مامی را یک‌بار برای همیشه نجات دهند.
در همین حال در شهر Kamihama، Yachiyo Nanami در جستجوی هتل Fendt Hope، مقر بال‌های مجیوس، «شایعات» مختلفی را شکار می‌کند. سازمان دختر جادویی تنها رهبر یاچیو در یافتن آیروها تاماکی است که ناپدید شدن او در بلاتکلیفی پوشانده شده است. یاچیو که مصمم است تیم میکازوکی ویلا را دوباره متحد کند، قسم می خورد که بال های مجیوس را نابود کند و به نقشه های موذیانه آنها پایان دهد.
در میان شرایط آشفته، یک تهدید فاجعه آمیز نزدیک می شود، که یک درگیری وخیم را ارائه می دهد که کل جهان را به خطر می اندازد.
