سال 2065 است و سیاره زمین از جایی که در گذشته بوده بسیار دور است. موجودات بیگانه مرگباری که به نام فانتوم ها شناخته می شوند در سرتاسر سیاره ظاهر شده اند و تماس صرف با این موجودات کشنده است، خواه یک مرگ آنی باشد یا یک افول طولانی مدت. به منظور تلاش برای نجات آنچه از نسل بشر باقی مانده است، موانع میدان نیرو بزرگی در اطراف شهرهای خاصی برای دفع فانتوم ها ساخته شده است.
دانشمندان آکی راس و استادش دکتر سید به دنبال راه حلی دائمی تر برای این تهاجم هستند که تحقیقاتشان نشان داده است که نوعی انرژی معنوی به نام گایا وجود دارد که می تواند حضور فانتوم را از این دنیا ریشه کن کند. آکی و سید در جستجوی Final Fantasy: The Spirits Within تنها نیستند. شورای انسانی و جوخه نظامی "Deep Eyes" آماده کمک هستند. اگرچه همه به این طرح متقاعد نشده اند.
آکی، سید، گری و متحدانشان برای اینکه شانسی برای بازگرداندن صلح به زمین داشته باشند، باید علیه نیروهای بیگانه و انسانی متحد شوند. دشمنی که تنها لمسش کشنده است، فانتوم‌ها دشمن خطرناک‌تری به نظر می‌رسند، اما همانطور که می‌آیند، دشمنان انسانی‌شان نیز نباید دست کم گرفته شوند.
