تسلط بر جهان سخت است و ایل پالاتزو مرموز، رئیس سازمان ACROSS، این را می داند، بنابراین قصد دارد با فتح شهر فوکوئوکا شروعی کوچک داشته باشد. دو افسر جوان، اکسل و شریکش Hyatt، وظیفه اجرای این نقشه را بر عهده دارند، اما کارگران امنیتی شهر، گروهی متشکل از سه پسر (عمدتاً) عادی، یک دختر بسیار خشن و چند ربات در سر راه آنها قرار دارند. صرف نظر از سادگی، اکسل و هایت همیشه موفق می شوند ماموریت های خود را خراب کنند که معمولاً منجر به مرگ و تخریب های زیادی می شود.
Heppoko Jikken Animation Excel♥Saga مشکلات مفصلی را که افسران ACROSS با آن مواجه می‌شوند را شرح می‌دهد، زیرا اکسل و هایات هرگز در انجام کارهای خود نادرست کوتاهی نمی‌کنند.
