تسخیر جهان دشوار است و ایل پالازو مرموز، رئیس سازمان ACROSS، این را میداند، بنابراین قصد دارد با فتح شهر فوکوئوکا، کار را از قدمهای کوچک شروع کند. دو افسر جوان، اکسل و شریکش هایت، وظیفه اجرای این نقشه را بر عهده دارند، اما مانع آنها ماموران امنیت شهر هستند، گروهی متشکل از سه مرد تقریباً عادی، یک دختر بسیار خشن و چند ربات. صرف نظر از سادگی، اکسل و هایت همیشه در ماموریتهای خود اشتباه میکنند که معمولاً منجر به مرگ و ویرانیهای فراوان میشود.
انیمیشن هپوکو جیکن، اکسل♥ساگا، مشکلات پیچیدهای را که افسران ACROSS خود را درگیر آن میکنند، روایت میکند، زیرا اکسل و هایت هرگز از انجام نادرست وظایف خود کوتاهی نمیکنند.
