کیدو شینسنگومی مویو کن که در دوران میجی می گذرد، داستان کوندو یوکو، هیجیکاتا توشی و اوکیتا کائورو را روایت می کند. این سه دختر اعضای سابق شینسنگومی هستند و مانند پدرانشان، از آنها خواسته می شود تا از ژاپن در برابر مشکلات فعلی آن محافظت کنند. بسیاری از کارهای آنها با غلبه بر پدیده های مرموز ماوراء الطبیعه که به طور مکرر در منطقه کیوتو ظهور می کنند و دفاع از شهر در برابر هر خطر دیگری که ممکن است ایجاد شود، سروکار دارد.
