نینجاهای پرنده از سرزمین آسمان با انجام یک حمله غافلگیرکننده ویرانگر به دنبال انتقام از دشمن قدیمی خود کونوهاگاکوره هستند. ناروتو اوزوماکی علیرغم اشتیاق او برای پیوستن به مبارزه، توسط شینو، یک دکتر مرموز که برای نجات یک مصدوم به کمک او نیاز دارد، نگه داشته می شود. هنگام تحویل مرد مجروح به بیمارستان، ناروتو با آمارو یک جوان طوفانی از روستای همسایه که ناامیدانه به دنبال کمک شینو است، برخورد غیرمنتظره ای دارد.
در همین حال، هنگامی که مهاجمان برای بازگرداندن نیروهای خود عقب نشینی می کنند، سوناده از فرصت استفاده می کند و یک تیم کوچک شامل سای، شیکامارو نارا و کاکاشی هاتاکه را برای حمله به پایگاه آنها اعزام می کند. به طور همزمان، او به ناروتو، ساکورا هارونو و هیناتا هیوگا دستور می دهد تا شینو و آمارو را در سفرشان همراهی کنند. با این حال، در طول این مدت، اوروچیمارو نقشه های خود را دارد: او به ساسوکه اوچیها دستور می دهد تا دکتر متخصص در تکنیک تناسخ را برای او بیاورد.
از آنجایی که گروه اسکورت به طور تصادفی حقیقت شوم پشت حملات را کشف می کند، نقشه های پرفراز و نشیب به حرکت در می آید. اما حتی زمانی که ناروتو با یک اتحاد مجدد پیش بینی نشده مواجه می شود، در تلاش خود برای پایان دادن به جنگ و اثرات فاجعه بار آن تزلزل نمی کند.
