با نزدیک شدن به پایان فصل پاییز، چیدوری یوشینو، یکی از اعضای استرگا، جونپی ایوری را می رباید. در همین حال، ماکوتو یوکی و جوخه اعدام فوق برنامه تخصصی (SEES) مرد حلق آویز شده آرکانا را نابود می کنند. کمی بعد، یک پلی بوی مرموز به نام ریوجی موچیزوکی به کلاس 2-F دبیرستان گکوکان منتقل می شود.
اعضای SEES که ظاهراً به هدف خود رسیده‌اند، معتقدند که از نبردی که بی‌رحمانه زندگی عزیزانشان را ربوده است، رهایی یافته‌اند. و با این حال، تارتاروس و ساعت تاریک به وجود خود ادامه می دهند، بدون اینکه با نابودی سایه دوازدهم منصرف شوند. SEES که از شکست ظاهری خود ناراحت است، باید با مبارزات شخصی خود کنار بیاید و کشف کند که به خاطر چه کسی می جنگند. با پیشرفت سفرهای ماکوتو و جونپی برای کشف خود، هویت ریوجی و دلیل نفرت آگیس از او مشخص می شود.
