چهارده سال پس از سومین ضربه، زمین یک زمین بایر پساآخرالزمانی است، تمدن بشری در حال ویران است و مردمی که شینجی ایکاری می شناسد تقریبا غیرقابل تشخیص هستند. او که در داخل Evangelion Unit-01 به دام افتاده است، توسط Asuka Langley Shikinami و Mari Illustrious Makinami از فضا بازیابی می شود، اما خود را زندانی WILLE، یک جناح نظامی به رهبری نگهبان سابقش Misato Katsuragi می بیند. متحدان سابقش سرد و تلخ، او را با سوء ظن می نگرند و از حمایت از او خودداری می کنند، زیرا او با عواقب اعمال خود کنار می آید.
شینجی آسیب دیده و گیج شده توسط ری آیانامی از دست ویل نجات می یابد و به مقر NERV بازگردانده می شود. در آنجا او با کاورو ناگیسا مرموز آشنا می شود و به سرعت با او دوست می شود که به او گرمی و بینش در مورد وضعیت جنگ NERV با فرشتگان ارائه می دهد. اما مهلت کوتاه شینجی و کاورو در آستانه یک نبرد جدید است، نبردی که در آن شینجی متوجه می‌شود که دشمنانش دیگر فرشتگان نیستند، بلکه رفقای قبلی هستند. در این رویارویی تلخ برای تعیین آینده جهان، شینجی از نزدیک یاد می گیرد که گذشته واقعاً قابل بازگشت نیست.
