در دنیای پسا آخرالزمانی، آخرین سکونتگاه انسانی باقی مانده در ژاپن، شهر به شدت مستحکم توکیو-3 است. شینجی ایکاری چهارده ساله به مقر NERV، یک سازمان زیرزمینی که توسط پدرش، جندو، از هم جدا شده، آورده می شود. او از شینجی درخواست می کند که خلبان یک "Evangelion" شود، یک اندروید غول پیکر که برای مبارزه با موجودات بیگانه هیولا و مخرب معروف به "فرشته ها" ساخته شده است که در این سیاره ویران می کنند و بقای نسل بشر باقی مانده را تهدید می کنند.
اگرچه شینجی در ابتدا تمایلی نداشت، اما شینجی تحت تأثیر ایده آشتی با پدرش قرار می‌گیرد و موافقت می‌کند که به عنوان خلبان واحد Evangelion-01 در تلاش خطرناک بشر در برابر تهدید بیگانه‌اش کمک کند. شینجی که در وسط یک میدان نبرد خطرناک قرار می گیرد، باید شجاعت و عزم لازم را برای مقابله با هجوم فرشتگان پیدا کند، قبل از اینکه خیلی دیر شود.
