هنگامی که خطر تهدید فرشته تشدید می شود، نیروی دفاعی بشر به مرزهای خود کشیده می شود و NERV در خط مقدم مبارزه قرار دارد. شینجی ایکاری و شریکش ری آیانامی توسط دو خلبان جدید کمک می‌شوند: آسوکا لانگلی شیکینامی آتشین و ماری ایلاستریوس ماکینامی مرموز.
این چهار روح جوان با کمک واحدهای مکانیزه Evangelion خود، مجهز به سلاح‌های مناسب برای درگیر شدن با مخالفان هیولا، ناامیدانه برای محافظت از عزیزان خود و جلوگیری از آخرالزمان قریب‌الوقوع مبارزه می‌کنند. اما زمانی که اسرار شگفت‌انگیز آشکار می‌شوند، آیا بزرگترین چالش قهرمانان، هیولاها هستند یا خود انسانیت؟
