رهبر تیم موشک، جیووانی، میوتو را در منطقه ای دورافتاده در منطقه جوهتو پیدا کرده است. هنگامی که جیووانی سعی می کند دوباره میوتو را دستگیر کند، اش و دوستانش توسط دومینو، یکی از اعضای جدید تیم راکت ربوده می شوند، در حالی که سعی می کنند پیکاچو را از دست جسی و جیمز نجات دهند. کلون پوکمون ها نیز دستگیر می شوند و سپس به عنوان طعمه برای Mewtwo استفاده می شوند. سپس وضعیت به نبردی بین اراده های میوتو و جیووانی تبدیل می شود. و Mewtwo همچنین سعی می کند کشف کند که آیا آن و کلون ها هدفی در زندگی دارند، حتی اگر آنها محصول علم هستند.
