تیم راکت با استفاده از فسیل Pokémon Mew افسانه ای، اولین کلون موفق پوکمون را ایجاد کرده است. پوکمون ساخته دست بشر که Mewtwo نام دارد، به سرعت از شرایط ایجاد خود ناراحت می شود و به غوغا می پردازد. به زودی توسط ساکاکی، رهبر تیم راکت، به آن نزدیک می شود و برای انجام اعمال شیطانی دستکاری می شود.
میوتو که توسط ترفندهای بشر و ظلم هایی که متحمل شده است رانده شده، خود را از همه جدا می کند و در حالی که سعی می کند هدف واقعی خود را در زندگی کشف کند، علیه انسان ها توطئه می کند. Mewtwo که خود را به عنوان قوی ترین مربی پوکمون در جهان تغییر داده است، قدرتمندترین مربیان منطقه را که می خواهند با حریف جدید و مرموز مبارزه کنند، جذب می کند. با در خطر بودن سرنوشت جهان، مربیان مشهور ساتوشی، تاکشی و کاسومی باید با میوتو مبارزه کنند و قبل از اینکه باعث سقوط بشریت شود، آن را شکست دهند.
