2199 م. یاماتو پس از دریافت "سیستم معکوس کیهانی" در مقصد خود، اسکندر، سعی کرد کهکشان ابر ماژلانی بزرگ را پشت سر بگذارد. اما ناگهان با گروهی مرموز در لبه ابر ماژلانی بزرگ روبرو می شود. خدمه متوجه می شوند که این گروه "Gatlantis" نام دارد و رهبر آن فرمانده نیروی اعزامی Gutaba است که خود را "Goran Dagaamu of Thunder" می نامد. فرمانده می خواهد یاماتو را به او تحویل دهند. یاماتو که می خواهد با عجله به زمین برود، از نزاع فرار می کند. با این حال، یاماتو توسط یک سلاح پرتو ویرانگر به نام "توپ حمله مستقیم شعله" مورد حمله قرار می گیرد که می تواند از فضا فراتر رود.
یاماتو توانست عقب نشینی کند، اما در نهایت گم می شود و خود را در ابعاد نامنظم رنگی عجیبی می بیند. خدمه تصمیم می گیرند موتور کشتی را خاموش کنند و یک سیاره مرموز را کشف کنند. به منظور جمع آوری اطلاعات، کودای، کیریو، ساوامورا، نییمی و آیهارا روی این سیاره فرود می آیند. چیزی که آنها هنگام ورود دیدند کشتی بود که قرار نبود آنجا باشد.
داگامو به دنبال ردی از تار یاماتو می رود و همچنین به فضای رنگارنگ عجیبی می رسد. سیاره ای که یاماتو روی آن فرود آمد در واقع همان چیزی بود که داگامو در تمام طول این مدت به دنبال آن بود.
