با گسترش یک سیاهچاله متحرک، در سال 2220، یک بحران به زمین نزدیک می شود. طرحی برای جابجایی بیش از 300 میلیون نفر از زمین طراحی شده است. هنگامی که آخرین ناوگان حمل و نقل مورد حمله قرار می گیرد، ناو جنگی فضایی یاماتو به دفاع از آن می آید، کشتی اکنون توسط سوسومو کودای فرماندهی می شود، همچنین دختر میوکی، فرزند سوسومو و یوکی، در سفینه حضور دارد.
