ستو کایبا با وسواس انتقام‌جویی از پادشاه بازی‌ها، حفاری را در مصر آغاز می‌کند تا تکه‌های پازل هزاره را پیدا کند، که زمانی روح "همتای یوگی" را حفظ کرده بود. با این حال، یک مرد شنل دو تکه از پازل را می دزدد و قبل از بازسازی آن ناپدید می شود. در همین حال، اکنون در سال آخر دبیرستان، یوگی موتو و دوستانش برای آینده خود برنامه ریزی می کنند، غافل از خطری که در کمین آن نزدیک است.
یو☆گی☆اوه! The Dark Side of Dimensions داستان نیروهای انتقام جو را روایت می کند که واقعیت را به هر شکلی که بخواهند تحریف می کنند. آیا ستو و یوگی از اختلافات خود عبور خواهند کرد و جهان را نجات خواهند داد یا حرص و طمع خود ستو بر او تأثیر خواهد گذاشت؟
