دروازه ورود به دنیای دیجیتال سه سال است که بسته شده است. تایچی یاگامی و دوستانش از آن زمان به آنجا رفته اند و اکنون که سال دوم دبیرستان است، زمان بزرگ شدن او فرا رسیده است. در حالی که همه می دانند که می خواهند با زندگی خود چه کنند، تایچی هنوز مطمئن نیست. در همین حال، گروه با دنبال کردن مسیرهای خود بیشتر از هم دور می شوند.
یک روز، یک دیجیمون حشره‌دار سرکش به نام کوواگامون عمل می‌کند و وسایل الکترونیکی را در سراسر شهر مختل می‌کند. تایچی بی پروا آن را تعقیب می کند و در نهایت توسط دیجیمون مهاجم به گوشه می رسد. ناگهان، Digivice که او هنوز حمل می کند - دستگاه دیجیتالی که اهداف مختلفی از جمله کمک به شریک Digimon خود را برای تکامل دارد - می درخشد و آگومون ظاهر می شود. این دو می توانند کوواگامون را شکست دهند، اما چرا دیجیمون در وهله اول از این دنیا عبور کرد؟ در دنیای دیجیتال چه اتفاقی می‌افتد، و دقیقاً چگونه میکو موچیزوکی، دانشجوی انتقالی جدید در کلاس تایچی را شامل می‌شود؟
