فرزندان برگزیده با شرکای خود در دیجیمون که دیگر آنها را به دلیل اثرات تنظیم مجدد دیجیتال به یاد نمی آورند، دوباره متحد شده اند. در حالی که همه سعی می کنند دوباره با هیولاهای دیجیتال خود ارتباط برقرار کنند، سورا تاکنوشی با مقاومت پیومون روبرو می شود که سرسختانه حاضر به صحبت با او نیست. ناگهان حمله یک دیجیمون متخاصم گروه را از هم جدا می کند و آنها و دیجیمون هایشان را در سراسر دنیای دیجیتال پراکنده می کند.
در دنیای انسانی، دایگو نیشیجیما از آژانس اداری گنجانده شده هشداری دریافت می کند مبنی بر اینکه موجودیت جدیدی در تعقیب "Libra" است، که به اعتقاد او نام مستعار Meicoomon است. بنا به دلایلی، Meicoomon تمام خاطرات خود را حفظ می کند و بنابراین هنوز هم شریک زندگی خود Meiko Mochizuki را که به تنهایی به دنیای دیجیتال آمده است تا او را پیدا کند، به یاد می آورد. اگر آنها امیدوارند که شناسایی کنند چه نیروهای دیگری تا کنون باعث این حوادث شده اند، فرزندان برگزیده باید از موانع دنیای دیجیتال بازآفرینی شده جان سالم به در ببرند و راه خود را به خانه بازگردانند.
