فرزندان برگزیده پس از خیانت میکومون، هیولای دیجیتالی که اخیراً در کنار شریک انسانی خود، میکو موچیزوکی، به گروه آنها ملحق شده بود، در شوک هستند. کوشیرو ایزومی مصمم است عفونتی را که کنترل Meicoomon را به دست گرفته است، تشخیص دهد. در همین حال، Takeru Takaishi متوجه می شود که شریک زندگی او، Patamon، شروع به نشان دادن علائم هشدار دهنده ای شبیه به سایر Digimon های آلوده مانند Meicoomon کرده است.
درست در آن زمان، فرزندان برگزیده پیامی از موجودیت اسرارآمیز Homeostasis دریافت می کنند، که به آنها اطلاع می دهد که دنیای آنها در خطر نابودی کامل است - و دنیای دیجیتال، خانه دیجیمون ها نیز همینطور است. Homeostasis قصد دارد یک «راه‌اندازی مجدد» را اجرا کند، که تمام داده‌های تشکیل‌دهنده دنیای دیجیتال را بازنشانی می‌کند و عفونت را از بین می‌برد. با این حال، راه‌اندازی مجدد، خاطرات همه دیجیمون‌ها، از جمله شرکای کودکان را نیز پاک می‌کند. آیا فرزندان برگزیده می‌توانند قبل از اینکه راه‌اندازی مجدد ضروری شود، Meicoomon را متوقف کنند یا این پایان زمان همکاری آنها با دیجیمون است؟
